Ledock(分子對接軟件)

Ledock是一款專業(yè)的分子對接軟件，適用于專業(yè)人士使用。Ledock用于對子對接的軟件。用于大規(guī)模的虛擬篩選，其運行速度快。Ledock對于從事科研工作的朋友有一定的幫助，有需要的朋友歡迎使用。

軟件簡介：

Ledock是一款分子對接軟件，支持大規(guī)模虛擬篩選，其運行速度快，分子對接依據(jù)配體與受體作用的“鎖-鑰原理”，模擬小分子配體與受體生物大分子相互作用，從事相關(guān)科研工作的朋友可能會用到！

使用方法：

軟件有兩個選項卡，其中LePro用于分子蛋白處理，可去除蛋白中的離子、金屬、水分子等，會生成分子對接要用到的IN文件。在確定了對接參數(shù)后，可使用LeDock項目來進(jìn)行分子對接。

一、蛋白準(zhǔn)備

在LePro標(biāo)簽的Protein input中選擇3cl0.pdb的路徑（注意路徑中不能含有中文），然后軟件會自動在選擇在該路徑下生成pro.pdb（處理過后的蛋白的pdb文件）及dock.in（用于下步分子對接的參數(shù)文件），點擊Add Hydrogen，上述2個文件就會立馬生成。dock.in文件包括了均方根偏差（RMSD），Binding pocket及Number of binding poses。RMSD表示對接出來的構(gòu)象聚類時RMSD的截斷值；Binding pocket表示結(jié)合位點的3維坐標(biāo)，分別為Xmin Xmax，yminymax，Zmin Zmax；Numberof binding poses表示生成的構(gòu)象個數(shù)，經(jīng)聚類后產(chǎn)生的構(gòu)象數(shù)會少于之前所生成的數(shù)目。

二、分子對接

在LeDock標(biāo)簽的Protein input，Docking input中分別指定上一步生成的pro.pdb與dock.in文件的路徑，在Ligand input中指定需要進(jìn)行對接的配體——lig.mol2的路徑（該路徑需和前兩個文件的路徑相同，且對接的分子需要為mol2格式）。最后，點擊Start docking，會生成Iig.dok文件（對接產(chǎn)生的化合物構(gòu)象所在文件），該文件可用Pymol來觀察化合物的構(gòu)象。