DNAMAN軟件

DNAMAN軟件是一款專業(yè)的生物新信息軟件，DNAMAN可以用于多序列比對(duì)、PCR 引物設(shè)計(jì)、限制性酶切分析、質(zhì)粒繪圖、蛋白質(zhì)分析等，幾乎囊括了所有日常核酸、蛋白質(zhì)序列的分析工作。DNAMAN內(nèi)置圖形分析，您可以將自己的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)發(fā)布到軟件上，利用自動(dòng)統(tǒng)計(jì)以及圖表功能獲得詳細(xì)的數(shù)據(jù)走勢(shì)分析，為后期的模擬實(shí)驗(yàn)提供重要的參考數(shù)據(jù)。

軟件功能：

兩個(gè)引物互補(bǔ)

您可以使用DNAMAN檢查兩個(gè)寡核苷酸序列的互補(bǔ)性。 要執(zhí)行此功能，第二個(gè)引物應(yīng)通過(guò)選擇引物|載入DNAMAN存儲(chǔ)器 兩個(gè)Primer互補(bǔ)命令。

DNAMAN搜索兩個(gè)引物之間的互補(bǔ)序列。 結(jié)果表明兩個(gè)引物之間的連續(xù)和不連續(xù)的互補(bǔ)序列。

PCR引物設(shè)計(jì)

您可以使用DNAMAN選擇滿足您擴(kuò)增模板DNA要求的PCR引物。 設(shè)計(jì)了許多參數(shù)來(lái)篩選PCR引物，例如PCR產(chǎn)物大小，引物長(zhǎng)度，Tm，GC組成和鹽濃度的范圍。 其他參數(shù)用于排除“低質(zhì)量”引物。

導(dǎo)入和導(dǎo)出記錄

從文本文件導(dǎo)入記錄

從文本文件導(dǎo)入寡核苷酸序列是將大量oligo記錄添加到數(shù)據(jù)庫(kù)的便捷工具。

DNAMAN將記錄的信息列入七個(gè)字段：名稱，來(lái)源，備注，長(zhǎng)度，GC含量，熔解溫度和序列。如果數(shù)據(jù)庫(kù)中有大量記錄，則可以使用前四個(gè)字段作為排序鍵，以便在“記錄列表”框中選擇性地顯示記錄。

導(dǎo)向不匹配

定向錯(cuò)配可以通過(guò)在突變附近的位點(diǎn)引入單次或雙重錯(cuò)配來(lái)創(chuàng)建或去除當(dāng)前DNA序列或其變體上的限制性位點(diǎn)。 使用此功能，您可以創(chuàng)建或破壞限制性位點(diǎn)，以區(qū)分野生型等位基因與常見(jiàn)突變體等位基因。

DNAman怎么分析序列的酶切位點(diǎn)：

將待分析的序列裝入Channel,點(diǎn)擊要分析的Channel,然后通過(guò)Restriction/Analysis 命令打開(kāi)對(duì)話框.
參數(shù)說(shuō)明如下：
Results 分析結(jié)果顯示
其中包括：
Show summary（顯示概要） Show sites on sequence（在結(jié)果中顯示酶切位點(diǎn)） 
Draw restriction map（顯示限制性酶切圖）Draw restriction pattern（顯示限制性酶切模式圖） 
Ignore enzymes with more than（忽略大于某設(shè)定值的酶切位點(diǎn)） 
Ignore enzymes with less than（忽略小于某設(shè)定值的酶切位點(diǎn)） 
Target DNA （目標(biāo)DNA 特性） 
circular（環(huán)型DNA）,dam/dcm methylation（dam/dcm 甲基化）
參數(shù)說(shuō)明如下：
Enzyme 
代表（enzyme data file）,點(diǎn)擊旁邊的下拉按鈕,出現(xiàn)兩個(gè)默認(rèn)選項(xiàng),restrict.enz 和dnamane.enz,
如果添加過(guò)自制的酶列表,則附加顯示自制酶列表文件名.其中restrict.enz 數(shù)據(jù)文件包含180 種 
限制酶,dnamane.enz 數(shù)據(jù)文件包含2524 種限制酶.選擇其中一個(gè)數(shù)據(jù)文件,相應(yīng)的酶在左邊的 顯示框中列出（按酶名稱字母表順序）,鼠標(biāo)雙擊酶名稱,則對(duì)應(yīng)的酶被選中,在右邊空白框中列 出.要自制酶切列表,可以從左邊酶列表中雙擊鼠標(biāo)選擇多種酶（例如puc18 multiple cloning sites）,然后點(diǎn)擊按鈕出現(xiàn)下列對(duì)話框：輸入要保存酶列表的文件名,點(diǎn)擊按鈕即可保存.自制酶列表可以方便分析特定的酶切位點(diǎn).
Cutter 酶切識(shí)別序列長(zhǎng)度；End 酶切產(chǎn)生的末端,其中包括,Blunt（平頭末端）,5’Overhang 
（5’突出粘性末端）,3’Overhang(3’突出粘性末端),系統(tǒng)根據(jù)cutter 和end 的設(shè)定情況,在左邊酶列表 中顯示符合條件的酶.最后,點(diǎn)擊按鈕執(zhí)行操作.

如何使用DNAMAN軟件制作序列比對(duì)圖

圖1

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